血便と低アルブミン数値回復後のＨＣＴ値が低い

はじめましてアレス動物病院の沖田と申します。
お返事が遅くなってしまい申し訳ありませんでした。
すでに回復されていればもちろん良いのですが、もしまだ症状が残っているのであれば、というお話になります。

貧血、黒色便（上部消化管出血）の検査として思いつくものというと、血液検査、便検査、レントゲン検査、造影検査、エコー検査、CT検査というあたりが挙げられます。
これでも診断がつかないときは最終的にはやはり試験的開腹ということになると思います。

文面からすでにほとんどの検査を実施されたあとのようですので、こうなるとやはり最後の検査は試験的開腹なのかもしれません。
確かに麻酔のリスクはかなり高い血液状態とは思うのですが、もし快方に向かっていないのであれば、待てば待つだけリスクは高くなり、より手出しできない状態になってしまうのではないかと思います。

しいて血液検査などでわからない貧血、黒色便というと中毒くらいではないでしょうか。
ないとは思いますが、ご家族で症状が出る1週間以内に何かしらの広い食いなどがなかったかだけは確認しておくべきかと思います。
これらの症状が出る中毒というと一般的には抗炎症剤（たとえば風邪薬や頭痛薬）、殺鼠剤、ねぎ中毒当たりがよく目にするところです。

特にねぎ中毒に関してはねぎそのものではなく、ねぎ、たまねぎ、ニンニク、アスパラなどねぎ科の植物とともに煮たもの焼いたものなども含みます。
わかりにくいところでケチャップ、ツナ缶の一部、牛丼やすき焼きの肉（ねぎと一緒に煮たもの）、から揚げ（香り付けのガーリックパウダーなど）、ソーセージやハムの一部、焼肉や焼き鳥などのたれなど（洗ってもだめな場合もあります）。
もちろん中毒の可能性がないとのお話の上でこれらの検査に進んでいるのだとは思いますが、お腹を開いて何もなかった、という結論があってはいけないので、念のためご家族で再確認してあげてください。

上記の検査がすでにすべて終わり、中毒の可能性が0というのであれば、私も最後の可能性にかけて試験的開腹をお勧めするところだと思います。

黒色便は胃や小腸などの上部の消化管からの出血でみられます。
低アルブミンは出血で失われる他、栄養を吸収する小腸の異常でも蛋白質が吸収されず起ることがあります。
それを蛋白漏出性腸症といい、炎症性腸疾患などの慢性腸炎、リンパ管拡張症、リンパ腫などの腫瘍などが鑑別として挙げられます。
内視鏡と病理検査では異常がなかったということですが、内視鏡では空腸など内視鏡がとどかないところがあるのと、
組織生検では粘膜側しか検査できないので、筋肉部分などの深いところは検査できないのです。
CT検査で胃の筋肉部分に異常があったということ、そしてその他の部分に異常がないか見るために開腹して全層生検することはお勧めできます。
お薬の反応が悪く、状態がさらに悪化しているようであれば早めに検査したほうが良いでしょう。
もし出血部位が一部なら、それを取り除くことによって治療できる可能性もあります。
もちろん、低蛋白、貧血の状態だと麻酔のリスク、術後も手術部位がなかなか塞がらなかったりと心配な点が多々あると思います。
輸血は術前・術後十分行えるかどうか病院に確認しましょう。
輸血や麻酔管理がしっかりした病院であれば手術リスクを減らすことができ、より安心して臨むことが出来ると思います。