内定を辞退するのは

「労働契約書なる確認書」にサインをしたとのことですが、どのような内容であっても、罰金を支払うことにはなりません。
安心してください。

もし、内定辞退をして、相手の会社が損害を被ったというような場合は、損害賠償ということはありえます。
しかし、それはあなたに重過失があったような場合ですから、そのような心配いりません。

ただ、内定辞退は相手の会社には迷惑をかけますので、状況をきちんと説明し、ご了解いただくことが大切です。
それが社会人としての当然の義務であり、行動です。

就職は大切です。
納得して進むことがとても大切です。
よく考えて良い進路を選んでください。(^_^)/~

労働契約なる確認書にサインをしたということは入社日も3月1日とか4月1日で決定されたということですね。労働契約にサインして雇用契約を締結後に勤務先の引き留めにあって入社に至らなかったケースは当社で過去ありました。裁判とかで違約金請求などは発生したことはありません。まともな企業でしたら、入社したくない人材を無理矢理入社させようとしたりしないと推測します。ある意味ブラック企業でしたら嫌がらせをするリスクはあるかもしれません。

入社して短期で退職するくらいでしたら、入社すべきではないと思います。履歴書に記載する社歴が増えてしまい、将来の新な機会を狭めてしまいます。履歴書で詐称すれば明確な解雇理由となり、いつばれて解雇されるかと怯えなければなりません。

39歳で内定辞退したいということは同時に進行している企業があるか、現在の勤務先と比較してそれほど魅力を感じないということだと思います。慎重に検討すべきですが、一旦決断したら速やかに行動に移すべきです。