あくまで就業規則が優先と考えてよい

　まず就業規則は、基本的には会社の憲法という位置づけのものです。
　その規定において、労基法や労働協約の基準に達しない部分があれば、それは無効となって法律等の規定が優先されますが、その他規定されている内容については、社員には遵守義務がありますし、会社側には規定通りの実行が求められます。

　ご質問の場合のように、就業規則の規定より不利益になる扱いを、一方的な通知で変更できるとするならば、就業規則自体の意味がなくなってしまい、会社の都合で何でもできることになってしまいます。仮にご本人が本当に同意していたとしても、通知や誓約の内容がよほど客観的に合理的なものでない限り、このような一方的な通知書自体の効力はほとんどありません。
　この通知を退職勧奨と考えたとしても、納得できないなら応じる義務はありませんし、逆に会社が退職勧奨をしているという証拠になるのではないかと思います。

　一方、会社側がこのような対応をするのには、復職の見込みがどうなのか、やってもらえる仕事があるかなど、それなりの背景はあるのだと思います。(もちろん一方的な都合かもしれませんが)

　上記のような法的な背景を踏まえた上で、復職の見込みやご自身の希望等を、改めて会社と誠意をもって話し合ってみてはいかがでしょうか。もちろん話し合いが思わしくなければ、労基署などに相談するという方法もあると思います。