退職後の請求について

会社側のミスにより誤って支給された賃金の返還請求権については，何年で時効が成立するか法解釈上不明確な問題をはらんでいます。
賃金債権については，労働基準法１１５条の規定により２年で消滅時効が成立しますが，これが過誤払いの賃金の返還請求権にも適用されると解した場合には，会社側の返還請求権は既に時効消滅していることになりますので，支払義務はないことになります。
しかし，過誤払いの賃金の返還請求権について２年の消滅時効が適用されるかについては，今まで裁判上問題にされたことがないらしく，裁判例もこれについて論じた文献も見当たらないため，どちらとも断言はできません。
もし，賃金に関する２年の消滅時効が適用されないと解される場合には，民法１６７条１項の規定により１０年の消滅時効にかかることになるので，お尋ねの事案ではまだ時効は成立しておらず，まだ支払義務はあるという結論になってしまいます。
つまり，法解釈上支払義務がまだ残っているかどうか争いになる事案なので，正直なところ裁判をやってみなければ結論がどうなるかは分かりません。

弁護士の七字と申します。
「給与マイナス分」という趣旨が今ひとつよくわからないのですが，これがどういう趣旨のものなのかによって，時効期間も変わってくると思います。

? 仮に，これが，貴殿の配偶者が，仕事上何らかのミスを犯して，それについての責任分を給与からマイナスするという趣旨であるとします。
そして，会社が，不法行為を根拠に損害賠償請求分の支払を求めているのだとすると，その消滅時効は，会社が仕事上のミスによる損害の発生を知ったときから３年間で時効が成立します（民法７２４条）。
従って，今回のケースの場合，時効が成立しており，支払の必要はないということになると思います。

? これに対して，単に会社が誤って給与を多く支払ってしまい，それを請求しているとします（いわゆる「単なる」過誤払いのケース。例えば，給料２５万円なのに，誤って５０万円を振り込んでしまったというケースです。ただ，この「単なる」過誤払いのケースで，「給与マイナス分」という言い方になるのか，という疑問はありますが・・・）。
この場合，会社は，不当利得返還請求権（民法７０３条）を根拠に，２５万円の支払を求めていることになります。
この場合の時効期間をどのように考えるのかについては，商法５２２条を適用して５年と考えるという説と，商法５２２条の適用を認めず，原則どおり，１０年（民法１６７条）と考えるという説とがあります。そして，判例は，後者の考え方を採用して，１０年と考えています（本件のような過誤払いが問題になったケースではありませんが，最高裁平成３年４月２６日判決・判タ７６１号１４９頁，等）。
判例に従うと，?の趣旨で，不当利得として２５万円の請求をされた場合，時効は完成していないということになりそうです。