飼い主に吠える唸る向かって来る。

子犬は５週齢から８週齢頃に危機回避行動が見られるようになり、新しい刺激に対し警戒するようになります。
あぐぐさんもその子にとっては新しい刺激であり、種の違う動物です。

「ダメ！」としかる時は、きっと大きな声で子犬が驚くようなことをしているのではないでしょうか？それは子犬にとって嫌な刺激でしかなく、その嫌な刺激を与える人間も嫌な物になり、自分に危害を加えるかもしれないと思えば、自分の身を守るために吠えたり唸ったりするようになります。

子犬は人間社会の事がまったくわかりません。こちらが正しい行動を教えてあげなければ、どうしていいのかわからず、混乱してしまいます。
「ダメ！」だけではなくどうしたらいいのかをきちんと教えてあげることが大切です。
まだ３ヶ月ですから、これから教えなければいけない事は山ほどあります。
子犬が落ち着いて過ごせるような環境設定も必要ですし、興奮した時の対処法だけなど、ここで一つの事象についての対処法を述べてもうまくいきません。

子犬には社会化トレーニングを中心としたパピートレーニングが絶対に必要です。
パピークラスに通ったり、幼稚園に通わせるなどして、あぐぐさん自身がパピートレーニングについて学び、しっかりと犬育てをしてあげてください。
子犬の脳の成長は４ヶ月までに８０％が出来上がります。後悔しないようにすぐに行動に移してください。

D.I.N.G.O.という団体の教室がお勧めです。

http://www.dingo.gr.jp/index_j.html

現在3ヶ月と言う年齢と、気が強い性格と言う事と、文章からの印象から推察しますと、
2つの事が考えられます。

一つ目は、「ダメ！」と言って叱ってはいるものの、飼い主様の「本気度」が伝わっていないこと。
本気と思われていないので、遊びの延長と捉えて興奮しながら走り回るのかもしれません。
もともと興奮しやすいようですし。

二つ目は、ワンちゃんに対して気を使った態度を取っていること。
ワンちゃんを目で追いかける(どこにいるのかな？なにしてるのかな？イタズラしてないかな？)
、吠えたりしないように動く(静かに動く、物音をたてない、など)など、
心当たりはないでしょうか？
もし似たような行動を取っているようでしたら、その飼い主様の態度をワンちゃんが見て、
「自分に気を使ってくれる人」「何でも言う事を聞いてくれる人」と判断してしまいます。

叱った時の「本気度」が伝わらず、「自分に気を使ってくれる人」と判断されていた場合、
叱った時に反抗心を持たれるのは当然と言えます。

叱る時は遠慮せず本気で叱りましょう。本気が伝われば小さな声でも十分効果はあります。
ワンちゃんを目で追いかけず、無視する時間も作りましょう。そして飼い主様中心の生活を
送りましょう。

興奮し走り回り吠え唸り向かってきた時はどうするか、のような対処療法的方法よりも、
上記の態度をワンちゃんに見せて、ワンちゃんの気持ちを変えていくことが根本的解決に
繋がると考えます。