贈与税の住宅取得資金非課税制度を使った際の持分

新築一戸建てを購入するに当たり、妻の父が１，０００万円を資金援助してくれることになりました。
このＨＰでも度々照会されている「贈与税の住宅取得資金非課税制度」を活用する予定ですが、土地と家屋の名義の持分について分からないことがあるので教えていただければ幸いです。
なお、自分（夫）の年収は６５０万円、妻は専業主婦で年収０円、今後もフルタイムで働く予定はありません。（夫婦とも４０代前半です。）


＜購入物件の概要＞
・土地 ８９０万円
・家屋 ２，２００万円（長期優良住宅・オール電化・太陽光発電）
・諸経費 ２００万円
・土地の完成予定 平成２３年９月末
・家屋の完成予定 平成２４年１月末
・頭金を援助の１，０００万円と自分の貯蓄から９０万円
・２，２００万円をフラット３５Ｓで、夫単独名義の２０年ローンの予定
・土地の業者と建物の業者は別ですが、土地が完成したらすぐ家屋を建てる契約のため、見積りには土地代も入っています（契約は別々に済ませております）。


＜質問１＞
１，０００万円が既に妻の口座に振込まれています。
この１，０００万円の使い方ですが、
・８００万円を土地代に充て、残り２００万円を家屋の頭金にする
（土地代の残り９０万円は貯蓄分を充てる）
・土地の名義は夫１／１０、妻９／１０とする
・家屋の名義は夫９／１０、妻１／１０とする

と言うことで、贈与税の非課税制度を使う上で問題ありませんでしょうか？
税務署に確認したところ、担当者によって「問題ない」と言う方と、「問題があるかも知れない」と言う方があり、不安になっております。
租税特措法を読んでも、いいような悪いような曖昧なニュアンスなので判断がつきません。
もし問題があるとすれば、どのようにするのがいいでしょうか？

＜質問２＞
上記で問題ない場合、妻はいつ確定申告すればいいのでしょうか？
１０月に土地代を支払うので来年の申告？それとも建物の完成が来年なので、再来年の申告でしょうか？

＜質問３＞
質問１の持分で、住宅ローン減税を受けるにあたり、何か問題や、気をつけなければならない点などありますでしょうか？
また、もし妻がフルタイムで働くようになった場合、どの程度住宅ローン減税を受けられるのでしょうか？


以上３点について、ご指導よろしくお願いいたします。