どういう契約ですか?

環の小坂です。

「賃金」と「制作料」の両方が発生しているのでしょうか?
どういう契約ですか?

書面がないにしろ、まず、どういう契約か教えてください。

一般的な受託契約としてですが、
「顧客が検収すれば通常は納品完了」となります。

普通2週間とか検収期間を持ちますが、
検収完了の通告がない場合は「みなし検収」というようなものがあります。

顧客がそれを使えばそのようになります。

ですから、サイトを利用してもらうのはむしろ好都合だと思います。
(逆にサイトを利用しないから払わないよりはそっちの方がいいですよね?)

ちなみに、クレームと言うのは「いいがかり」ですか?
それとも完全に落ち度がありますか?

落ち度がある場合はその改修が必要になります。

相手の企業にもよりますが、
・重過失がなく
・納品も完了していて
いれば訴えられても負けることはないと思います。

賃金を返すかどうかは契約の種類によります。

正直「個人事業主」で「賃金が発生する」しかも「それ以外に請求がある」の意味がわかりません。

普通どちらかだけではないですか?
その辺のおかしな契約形態が問題ある可能性はあります。

ごねる会社を相手にしても仕方がないのですが、
・減額で払ってくれそうならそれが一番現実的
・話し合いが無理なら、内容証明で請求を送る
のがよいでしょう。