代表取締役の解任（会社の内紛）

弁護士の松野です。

この会社が取締役会設置会社なら、代表取締役は取締役会の決議により選定されてしまうので、兄弟のだれかに代表権が移る可能性はありますね（会社法362条3項）。おそらく三人の役員がおられるので取締役会はあるものと推察します。仮に、取締役会がない取締役会非設置会社なら、通常は、定款で選任方法が定められていて取締役の互選になっているか、株主総会の決議で決めるかになっているでしょう。
おそらく、この会社では互選になっていて、それでお父様の代表権を他の取締役がうばおうとしているのでしょう。

貸付について
お父様は個人で貸付をしているのですから、代表者であろうとなかろうと、会社から返済してもらえます。
契約がきちんとないと困りますが金銭消費貸借契約書はあるのですよね。返済が滞ったら、そのとき法的措置を取ればよいのではないでしょうか。会社を提訴することはできます。

会社名義の建物
これは会社のものです。仮に売却したら、売却代金は会社に入ります。
これを役員である兄弟が個人的に着服することは出来ません。
でも、兄弟は役員として役員報酬を受けているでしょうから、ここで利益を吸い上げてしまうかもしれませんね。ただし、役員報酬を株主総会で決めるときに、工夫すればお父様が代表権をなくしてもきちんと役員報酬をもらえるように出来るかとも思います。

定款とか会社の機関構成がわからないと、具体的に何ができるかアドバイスができませんので、そういった資料をお持ちになって、弁護士にご相談にいかれてはどうでしょうか？