困りましたね

住宅ローンは家を建てる為の低利のローンなので、土地だけでは貸してくれません。
（転売目的などでは困るからです）

それで銀行では土地・建物でローンを組まなくてはいけない仕組みになっていますが、
実際には土地を取得した段階で、設計や見積り、ましてや工務店との契約があるなんて
有り得ない話です。
購入後に地盤の調査をして、地盤改良に出費がかさむ事などもありえます。

それで、住宅ローンの申し込みは土地と建物にしておいて、銀行と土地のローンの
契約をするときに建物のローン契約と分けることができます。
建物のローン契約を分ける場合には、与信があれば増額も可能ですし土地決済段階で
工務店との契約書も必要ありません。

改めて設計と見積りが確定したら建物ローンの契約を銀行と結びます。

建築条件付きについては詳しくはここの記述を見てください。
http://ja.wikipedia.org/wiki/建築条件付土地取引

今回の取引は、建築条件付土地取引ではありません。
そこで本論に入りますが

１　契約書にサインをした時点で、建築契約は成立してしまっています。
　　こうした流れで、きちんとした設計図書も仕様書も細かい見積りもない段階での
　　契約は本来はするべきではありません。
　　大変グレーな契約ですが、これを銀行ローンに絡んだ錯誤によるものになるか
　　どうかは微妙です。
　　法律の専門家の助言が必要です。

２　重要事項の説明がないのは法令違反です。
　　工務店への行政指導はあると思います。しかし、契約解除の理由として充分かは
　　これも法律の専門家の助言が必要です。

３　材料の手配などもなく、設計料のみで2～3百万では、実施設計と現場監理まで
　　すべて終わっている金額です。
　　大抵の場合、こうした業者は設計事務所がやるようなきちんとした設計・監理
　　はしませんから、実際にはその半分も費用をかけていないでしょう。
　　どこまで設計が終わっているかは文面からはわかりませんが、打ち合わせ回数と
　　出来高払いで精算するのがわかりやすいでしょう。
　　具体的にはやはり交渉次第です。契約に15％とあっても、それが一般常識から
　　かけ離れていればその契約には疑問が生じます。


こうした場合の相談窓口は行政や消費生活センターなどにもあると思います。
そうした所に相談して交渉を進めることをお勧めします。