給与所得と雑所得の確定申告と扶養について

はじめまして。早速回答させて頂きます。

１）確定申告し、厳正徴収の還付を受けて、その控えのコピーを出すか
市役所で住民税の手続きだけするか、どちらでもいいですといわれ
一旦帰ってきたのですが、どちらがいいのでしょうか…？

ＡＮＳ 税務署で申告すると恐らく税金が戻ってくると思われます。
関係書類一式、自分名義の銀行口座の控え、（念のため印鑑）を持って、住所地の所轄税務署、個人課税部門で相談してください。

税務署に申告すると、そのデータは市役所に自動的に流される仕組みになっていますので、２度手間にならずにすみます。

２）また、この場合主人の扶養からは外れてしまうのでしょうか？

ＡＮＳ この文章だけでは判断できませんが、配偶者控除は受けられないと思います。
その代わり、配偶者特別控除は受けられるかもしれません。

（注）給与所得３６万と書いてらっしゃいますが、給与収入ではありませんか？給与所得で間違いなければ、配偶者特別控除も受けられません。

３）主人の会社へも、何か報告が必要なんでしょうか。

ＡＮＳ 必要ありません。税務署から会社へ是正するよう後日連絡がいきます。その連絡に従って、ご主人の会社の経理担当者が処理します。

４）確定申告の際、給与所得と雑所得、両方申告しなければならないのでしょうか？

ＡＮＳ 両方の申告が必要です。確定申告では、１年間のすべての収入を申告することになっています。

５）私が上記の確定申告をすることによってどの程度主人の収入に影響するのでしょうか？税金が上がったりするのでしょうか？

ＡＮＳ 配偶者控除がなくなりますので、税率に応じて税金が増えます。

６）確定申告をせず、市役所で住民税の手続きだけをすれば、
主人の収入には影響がでないのでしょうか…？

ＡＮＳ 市役所は、世帯ごとに管理していますので、配偶者控除の間違いに気が付きます。
この場合、税務署に連絡する仕組みになっていますので、市役所だけというわけにはいきません。



以上の通りですが、税務署で奥さんが申告手続きをするのが一番の早道と思われますので、そうすることをお薦めします。