契約の「仕様」と違った場合…

補足

＜腹が立っていること＞
・ガス配管が家の中を走って欲しくなかったのに、走っている。２階LDKなので、１階の子供部屋の天井裏にも走っている。
・配管しなければ不要であった、構造体への穴あけがたくさん存在している。基礎には最低２箇所、構造体へは現在確認中とのことですが、配管を固定するためにかなりたくさんの数穴あけを行っているようです。
・これまでも、断熱材の種類の間違い、外壁の張り間違い、等々あり、直せるものは直してもらい、我慢できることは我慢してきました。人間のやることですから、ミスは仕方がないと思っております。
しかし、ガス（危険物）については話は違うと思っている。その認識が工務店には薄そうで、対応も「クロスを張りますから~」と言った感じなのが許せない。私としては、むしろ見えず使えずの方が危ないと思う。

※構造体への影響はないことはもちろんでしょうが、やはり不要な穴が無い方が強度的には強いのでは、と思ってしまいます。
追加金を支払って、耐震等級３を取得した程で、子供たちを育てていくための住宅の安全性を一番に考えてきました。

＜相談したいこと＞
・契約と違う仕様であるのに、引き渡しを受けなければいけないのか。
・引き渡しを拒否するとどうなるのか。
・私としては工務店の契約不履行にしたいくらいだが（契約額の20パーセント支払って頂く）、それは行き過ぎか。行き過ぎだとしても、少なくとも、現実にかかった費用くらいは支払ってもらいたい（性能表示を取得するために支払った金額等々）がこの主張は通るか。
・家族は、契約不履行を主張するのは難しいのではないか、引き渡しも受けなければ、逆にこちらが契約不履行になるのではないか、と言っています。

でも、これが例えばオール電化住宅の契約なのに、ミスでガスが引き込まれていれば、やはり工務店側の契約不履行ですよね？
私は黙って引き渡しを受けるしかないのでしょうか？
現実的な案もどうぞ教えてください。

なお、引き渡し拒否ができない場合、ガスコンセントの始末はどのような形が良いか、また、値引き交渉したいが額はどのように提示して頂くのが妥当か、教えてください。

率直で不快に思われる専門業者様もいらっしゃるかと思いますが、分かりやすくするために率直な言葉を選んでの文面ですので、どうぞご容赦ください。

何卒宜しくお願い申し上げます。