会社の真意がわかりません。

他の専門家の方がすでにお答えされていて、私もその通りと思います。一点だけ私の経験上で補足させて頂きます。

当初提示された労働条件から変更を打診されるということは、入社後も同じことが起こりうる可能性が比較的高い会社といえるように思います。
人を採用するにあたり、本来であれば会社は先に労働条件を提示し、応募者はその条件を確認した上で応募するかしないかを決める訳で、採用選考が進んでいく中や内定段階で諸条件を出したり引っ込めたりされるということは、労働条件を「事前の約束」というより「交渉できる条件」と思っているということです。交渉するということは、要は自分たちの都合がいいようにしたいということで、ご相談の場合では入社後に自分たちが期待する成果が得られない場合のリスクヘッジをしたいということだと思います。

ですので、３カ月後にまた同じことが起こるかもしれません。これは疑いだしたらキリがありませんが、当面３か月は相応のプラスアルファがあり、「このままで行きます」と宣言した途端にそれが無くなってしまう、なんてこともあり得ます。まずできるだけ事前に細かな条件（利益額の実績、開示のされ方、社員間の分配方法など）を確認しておくことをお勧めします。それこそ給料をもらってみたら額が少なく、確認したら入社時と話が違う、なんてことは数多くあります。
もしかすると細かく確認しようとした場合、「面倒くさいやつ」と急に対応が変わってしまうようなこともあるかもしれません。そうだとしたらあまり信頼できる会社とはいえません。逆に不安や行き違いをなくそうと、しっかり細かく説明してくれるかもしれません。それならば信用することもできると思います。
あとはご自身の生活、経済状態、今後のキャリア、その会社の仕事内容や信頼感などからの総合判断になると思います。

特定社会保険労務士の佐々木です。
どうぞよろしくお願いします。

いろいろ変更があるとそれがよい方向でも不安になるものですね。
お気持ちわかります。

お仕事の内容、会社の業務内容や経営状態などがわからないので一般論になることをお許し下さい。

意地悪な見方になりますが、景気が悪い方が会社員にとっていいのです。
それは、仕事が減るのに、毎月きまった給与が支給されるからです。

経営者は、本当は売上に応じて給与も変えたいという気持ちもあります。
（これはあくまで売上だけを考えた視点ですので誤解のないようにお願いします。）
そう考えると固定部分を少なくして成果を上げるようにしてほしいというのが経営者の本音かもしれません。

既にご決断されましたが、３ヶ月後に何を基準に判断したらいいのかまた悩むと思います。
私なりに、３ヶ月間に検討することをリストアップしてみます

・収益性 お仕事の内容が本人の努力により、３０万円プラスアルファで５０万円を越えることが可能なのか。
それぞれの案件から売上と業務量を考慮して５０万円を越えることが可能なのか情報を収集しておきましょう。

・労働時間 一日あたりどのくらいの仕事量になるのか。
毎日、毎日、勤務時間が１０時間あるいは１２時間を超えるようでは体が持ちません。
勤続可能な職場か見ておきましょう。

・社会性 その仕事が社会的に必要とされていてお客様に感謝されるものなのか。
この点に本人が納得しているとがんばれるものです。
会社の経営方針・経営理念などその浸透状況と合わせて見ておきましょう。

現時点で勤務先に点数をつけておきましょう。
例えば、１００点満点で何点か、勤務を続ける点数は何点いるかなど決めます。
３ヶ月後にもう一度点数をつけて判断したらどうでしょうか。
そのときに漠然と点数をつけても目安になりませんので、基準を設定するとよいでしょう。
上記はその基準作りの参考にしてください。

以上参考まで