結局は我慢するか辞めるかの二択しかない

　非常に好ましくない職場環境で、大変なことと思います。
　結論から言えば、今の状況を我慢してワンマン理事長のやり方に従うか、辞めて転職するかの二つの選択肢しかないと思います。

　まず、ワンマン経営者で特に理不尽なやり方を取るような方は、周りには影響されず、良い方に変わるということはあまり望めないと思います。
　相談機関ということですが、明らかな法律違反でもない限り、外部機関から手を出すことはなかなか難しいと思います。管理者としての勤務ということも法人の一般的な人事権の範囲でしょうし、それ以外の点も仮に争ったとしてもどちらに転ぶかわからないような内容だと思います。
　従業員で連帯して団体交渉という手段もありますが、人の出入りが激しいとの事なので、これも難しいでしょうし、そこまで苦労してやる事が賢明かどうかということもあるでしょう。

　やはり私ならば別の環境に移ることを考えると思います。(たぶんもっと早い段階でそう考えたと思いますが)
「事務方なのでこのご時世・・・」と書かれていますが、今のような状況でも求人企業はありますし転職者もいらっしゃいます。もちろん自分が何が出来て、どの程度の市場価値があるのかは考える必要があると思います。情報収集も転職活動も在職のままで出来ると思います。

　最終的には一番身近なご家族などと相談し、ご自分で判断されるしかないと思います。