２階の畳間

相談は子供部屋（２階）の畳間についてです。
新しい家で初めての梅雨を経験しましたが６月頃に子供部屋の畳の一部にカビがはえてしまいました。
７月頃に一度、子供達がダニ被害にもあってしまいました。
こまめに換気をしたり布団を干したり８月には一度、全部の畳を外に干したりしましたがまだ、時々壁にダニがいるのを（５、６匹）見つけます。
畳を上げた時にはダニは見つからなかったのですが畳の側面に白カビ？と思われるものが付着していました。
畳の裏側には防虫畳と書いてありましたが、端（４辺）の方は防虫対策できていないような作りでした。

長くなりましたが相談内容は、
子供部屋をフローリングにすべきか、畳のままダニ対策をとって効果があるのかということです。

子供部屋はフローリングに変更できるよう畳の下は杉無垢が敷いてあります。
フローリングにするのはもうちょっと先の予定でしたが、畳を取っ払ってしまった方がよいでしょうか？

私達夫婦は畳が欲しかったので（１階は予算の都合上、畳の部屋がとれず）２階の子供部屋を畳にしました。子供達も男の子２人で、まだ家族で布団を敷いて寝ているのでダニやカビを除いてはこの子供部屋の畳間はとても気に入っています。
しかし、清潔を保てないのならば畳をとってもしょうがないのかな、と。

子供部屋はこのような感じです。

北東向きの長方形の９畳。
窓は道路に面した北側と隣家に面した東側にそれぞれ一つ。
二つとも１６０（横）９０（縦）の腰高窓。
東側の隣家と我が家との距離は大体５メートル位。
上記の状況で２階の子供部屋を畳にするのはあまり良くなかったのでしょうか？

新しい畳はカビが発生しやすいとも聞きます。
今後、何度か畳を干して換気に気をつければ上記の子供部屋の条件でも快適にすごせるでしょうか？
うちは木造２階建て住宅です。

どうぞよろしくお願いいたします。