何が正しいとは言い切れませんが・・・。

　私自身はマナーの専門というわけではありませんが、一般的にということで回答させていただきますので、参考程度に考えてください。

　例えば応接室や会議室など別室への来客であれば、わざわざそこまで行って退社時の挨拶はしないでしょうし、ショップ店員などもお客様に対して「お先に失礼します」とか「休憩に行ってきます」とは言わないでしょう。緊急の伝言などを会議中や商談中に伝えるのも、メモなどで行うのが一般だと思います。

　お客様はあくまで商談や買い物を目的に来ている訳ですから、それを邪魔しないことを最優先すべきということなのではないでしょうか。
　また退社時の挨拶は、「私はこれで帰ります」という社内的な伝達事項の一種だと思いますので、基本的に社員同士だけで交わすものということではないかと思います。

　自動車販売ということですので、たぶんオープンなスペースの一角での商談ということだと思いますので、退社時に商談テーブルのすぐ脇を通るなどであれば、会釈程度していけば良いように思いますし、商談テーブルが離れているのであれば別室での商談と同じと考えて、あえて挨拶に行く必要は無いように思います。

　商談時に不快なこととすれば、周りがざわざわしていたり、時間に追い立てられる感じがして商談に集中できないことだと思います。他にも考えられるかもしれません。
　一番優先すべきことは来客に不快感を与えず、失礼がないようにすることだと思います。これを基本として、そのような印象をもたれない接し方を自社なりに考えて見ると良いと思います。