家賃、水道光熱費は科目を分けて計上しましょう

niconico42さん、こんにちは。
長期出張時の家賃の経費計上についてのご質問ですね。

結論から申し上げると、半年以上は続くと思われる家賃、水道光熱費については「旅費交通費」で計上しないほうがよいでしょう。

"旅費交通費"は勤務先以外の場所に「移動」するための費用に用います。そこに含まれる"宿泊費"は移動に付随するホテル代等の短期間のものが一般的です。したがって長期出張における「滞在」するための費用については"家賃"、"水道光熱費"等の別の科目を選択すべきです。このほうが税務調査等で第三者へ決算書の提出が必要になった時でも説明しやすくなります。科目選択については下記サイトが参考になりますのでご参照下さい。

（参考）仕訳 勘定科目.com / 旅費交通費
http://www.kanjyoukamoku.com/ryohikoutuuhi.html

また、これまでの費用と一貫性を保ち、比較をしやすくするためには、ほとんどの会計ソフトでサポートされている「補助科目」を上手く利用することをお勧めします。
「補助科目」は勘定科目を補助する目的で使用され、一般に会社の業務に合わせて勘定科目よりも柔軟に設定できます。
niconico42さんの場合は、勘定科目「家賃」と「水道光熱費」の下に「Ａ社出張費」のような補助科目を作成し、費用計上時に勘定科目と合わせて登録することで、あとからその金額だけを抽出して表示することもできます。

ご面倒かもしれませんが、今年度からは家賃、水道光熱費の科目を用いて一般的な勘定科目に合わせることをおすすめします。