完全な仲介責任です

仲介業者のミスの内容からすると、対象地の用途地域が2以上の地域にわたっていたのでしょうか。
その場合、各地域の面積により建ぺい率及び容積率は加重平均されますので、仲介者はその旨を重要事項説明にて書面にて説明する義務があります。

それとも、幹線道路から○○ｍ以内の地域が近隣商業地域で、○○ｍ超の地域は第1種低層住居専用地域、という用途制限が掛かっている地域だったのでしょうか。
（建ぺい率・容積率のパーセンテージや、「定規でなんとなく測り」という記載から考えると、こちらのほうでしょうか。）

重要事項説明書に記載し、説明された内容と、実際の制限に相違があるのであれば、それは明らかに仲介責任を問える内容ですし、超大手といわれるほどの仲介会社がなぜそのような初歩的な調査ミスを犯すのか、疑問です。

ten10さんも、重要事項説明の段階で建ぺい率・容積率に対して正しい説明がなされていれば、契約の前にハウスメーカーに実際に調査をさせ、希望どうりのプランが入るかどうかを確認されたうえで、土地契約を締結することも出来たでしょう。

契約の解除、および支払い済みの仲介手数料返金は当然のことですが、損害賠償となると非常に難しい問題かと思います。
ten10さんに、本件に起因した実際の損失がどの程度発生しているかということも問題になると思います。

他の回答で弁護士の先生がコメントされていますが、仲介会社側との今後の協議の内容如何によっては、弁護士等の専門家へ個別にご相談されることをお勧めします。