相互の十分な理解が必要

ボッテガベルタ太田と申します。はじめまして。
さて、ご質問の件ですが、そもそも総工事費×10〜15%という概念をはずして考えたほうがいいと思いますね。古いお役人の考案した計算方法を通例のように未だに我々建築家側も使っているのは事実ですが、あくまでもこれは目安にしか過ぎません。
地盤改良費を含むか含まないかというよりは、設計者の仕事の責任範囲を明確にし、その仕事をするために必要な人工数(1日8時間として何日間かかるか）、そして経験値に基づいた設計者の技術力を総合して決めるものであって、これはお施主様のご予算、仕事の難易度も勘案し相談の上で、お互いが納得して取り決めるべきものです。設計者としての責任は地盤も含みますから、その前提で、％ではなく、総合的に設計料を取り決めるべきです。
ただし、建築家側から一つだけ加えさせていただきます。基本的に欧米に比べて日本は設計料が安すぎます。当然の話ですが良い設計があってよい家ができます。設計者の技術力とセンス、裁量がその後の出来不出来を左右すると言っても過言ではありません。したがって、まず信頼の出来る設計者を選び、お施主様も一緒に協力しながら家を作るというお気持ちで臨んでいただきたいと思います。設計料もその信頼の中で成り立っているものですから、設計者が十分力を揮える金額をお支払いになることは結果的にお施主様にもいい形で残ると考えます。
最後に％の考え方について、一般の方が幾らが妥当なのか判断できないでしょうから、通常の設計行為を手抜き無く行えば、仕事量としては、概ね10〜15％の金額になるという目安と考えてください。