登記簿謄本への免許類の記載について

ご質問の件ですが、

登記事項（いわゆる登記簿謄本に書かれているもの）にある会社の目的と、
実際の事業内容は一致しないことが多くあります。

とは言うものの、その関係は
「登記事項上の目的の範囲が、実際の事業内容を包含している」
という風に理解してください。

つまり、この場合「酒類小売業」を営むためには会社の事業目的としてその旨の記載が必要である（逆に、会社の事業目的にその旨が記載してあっても、実際に事業を営んでいるかは判らない）ということになります。

ここまでがご質問の回答です。

ちょっとだけややこしい話を書きますが、実はこの「登記上の事業目的」について、もっと緩やかに規定していいんじゃないのか？ という議論が出ましてパブリックコメントを募集していたんですね。

http://web.moj.go.jp/PUBLIC/MINJI65/result_minji65.html

で、その結果「会社法施行後の登記官による登記の申請書に記載された目的の審査に当たって，当該目的が具体的に記載されているか否かの観点からの審査は行わないこととしました」という方針になりました。

http://www.moj.go.jp/PUBLIC/MINJI65/result_minji65-1.html

現在は会社の事業目的に具体性を要求することはなくなりましたので、極端な話「何でもできます」という目的も（登記上は）可能になったのです。

もちろん個々の許認可申請では、やはり事業目的にその旨を明記することが要求されています。

＃わざわざややこしい話を書いてゴメンナサイ

残念ながら、登記簿謄本を見ても、許認可等の記載はされていません。
取引先が、「一般酒類小売業免許」を持っているかどうかは、国税庁の次のページをご覧になるか、
http://www.nta.go.jp/category/sake/03/mokuji.htm
取引先の地を管轄する税務署にお問い合わせください。