クレジットカードの仕訳について

昨年までは、白色申告をしていましたが、
今年から青色申告を始める者です。

開業日：平成23年1月1日
青色申告承認申請書提出：平成25年3月14日
記帳方法：パソコンソフト（ミロクのかんたん青色申告）
クレジットカードの引落し口座：個人口座

表題の対応について、ご相談させて頂きたいと思います。

現在、クレジットカードで決済した分を、
仕訳しているのですが、その方法について、
理解が足りない部分があります。

１．年をまたいだクレジットカードの決済の記帳の仕方
以下の費用が、クレジットカードから引落しされています。
携帯電話代、電話代、プロバイダ代、ガソリン代、事業用の物品の購入費

明細を基にして、決済日で経費帳に入力しているのですが、
例えば1月や2月引落し分は、昨年の日付が決済日となるので、
ソフト側では、会計期間外ということで、入力ができません。

自分で調べたところ、「引落し日」で処理しても構わないという記事が
あったのですが、本当に不都合はないのでしょうか。不安です。

２．クレジットカードの引落し時の記帳について
クレジットカードの引落しが個人の口座になっていますので、
引落しの前に事業用の「現金」から必要な資金を持ち出し、
個人の口座に入金しております。

この場合の仕訳としては、下記のようにしているのですが、
この方法でよろしいのでしょうか。

１．経費帳にて、明細の細かい内容を入力
例： 通信費 xxxxx円 / 未払金 xxxxx円
２．現金出納帳にて、決済日で
未払金 xxxxx円 / 現金 xxxxx円

３．前年以前の帳簿や領収書について
前年以前も確定申告は行っておりましたが、
所得が300万以下だったので、領収書等の書類を誤って廃棄してしまいました。
※確定申告のデータもパソコンで国税庁HPの「確定申告書作成コーナー」で、
作成いたしましたが、パソコンのHDDの故障のため、
データが無くなってしまっております。

この事は、今後何かしらのペナルティを負うことになるのでしょうか。

以上となります。

お手数をお掛けいたしまして、大変恐縮ですが、
ご教示頂ければ幸いでございます。

よろしくお願い申し上げます。