構造柱について

建築設計事務所での設計を終えて、今後、地元工務店で家を建てる予定の者です。
私の強い希望で、木造軸組（集成材なし）・耐震等級３の確保と、構造設計事務所での構造計算（許容応力度計算）確認をお願いしました。
１階が30坪、２階が17坪で、建物としては総二階に下屋があるようなシンプルな構造です。この度、仕様がまとまり、見積もりで減額調整中です。
…ここに来て、仕様書・見積書の記載から、構造材に関して「隅柱が４寸、土台や・管柱は3.5寸（他に大引だったか？3寸径以下で指定されている柱もあります）」を採用していることが分かりました。
隅柱よりも土台柱が細いこと等、気になってしまい、また、構造計算等にて強度確保が済んでいるので大丈夫だとは思うのですが、耐久性という点ではやはり太い柱の方が物理的には丈夫（特に接合部の欠き込みを考慮すると）と思え、ネットでいろいろ情報を検索しました。
・・・結果、いろいろな考え方はあるかと思いますが、私自身の気持ちとしては、将来の地震の恐怖・家の寿命性という観点から「オーバースペック」であっても安全性を取りたいと思っています。…具体的には、隅柱を５寸、他の構造材を４寸を基本に変更したいと思います。
この前提で、質問をさせて頂きたいのですが、
１：来月はじめには着工しないと引越予定に間に合わないので、悠長に設計の手直しをお願いする時間的余裕はないのですが、柱を細くするのではなく、太くするのであれば、建築確認申請の手直し（長期優良住宅の認定も受けています）や再度の構造計算は必要ないでしょうか？
２：お願いした地元工務店は、元々、自社設計・施工も手がけているビルダーで、その場合は、標準では、オール４寸に近い仕様となっている様子です。先に、建築請負契約を済ませた後の変更依頼は業界的に可能でしょうか？また、その場合に設計士さんを介さず、直に工務店サイドに構造材の柱系を太くしてもらえるようにお願いしてもよいものでしょうか？
３：柱を上記のように太くした場合、ざっと概算で、どの程度のコストアップになるでしょうか？

来週半ばに、建築請負契約前の最後の打ち合わせを控えています。
宜しくお願い申し上げます。