申請手数料、消費税、目的外支出・・・

大手ハウスメーカー（以下Ｐ社）で新築工事をしました。

当初の見積もりには、「設計料」「工事監理料」という項目があり、どちらもその業務内容の説明に「申請手続業務」と書かれていました。

つづけて「申請手数料等」という項目があり、その内訳は建築確認申請費用７．３万円、性能表示制度申請費用１２万円、道路占有申請費５万円というものでした。

このため、後者の「申請費用」は純粋な実費を指しており、申請のための書類の準備・提出等は前者に含まれるものと理解しておりました。

そこで請求通りお支払いしたのですが、引き渡しの日にＰ社の営業マンや工事監督と話をしていたところ、道路占有許可は不要であったこと、代わりに道路使用許可が必要で、申請にあたり印紙代２，５００円かかったと聞きました。「占有許可」と「使用許可」は別モノでは？と指摘したのですが、Ｐ社の二人からは、とにかくその道路使用許可申請に手間賃を加えて５万円なのだ、というよくわからない説明がありました。

さらに、上記の次第があったため、自分でも調べてみると、国や第３者機関への申請（性能表示を除く）は、消費税非課税であると書かれておりました。しかし、Ｐ社との工事請負契約では、これらの項目も含めた総工費に対して、消費税５％がかけられております。

１．「工事監理料」に消費税がかかるのはわかるのですが、もともと法律で非課税とされている申請であるのに、その申請費に対する消費税をＰ社へ払うのはおかしいような気がするのですが、その必要はあるのでしょうか？

２．道路占有許可申請が不要であったにも関わらず、見積もり通り請求するのはおかしいのではないでしょうか？

３．もし仮に占有許可申請費を使用許可申請費に流用することが法的に認められているとしても、別途申請業務に対する対価を支払っているにもかかわらず、手間賃４万７５００円は上乗せしすぎではないでしょうか？

不勉強で申し訳ありませんが、どなたかご専門の方、ご教示頂けませんでしょうか。よろしくお願い申し上げます。

ちなみに、全額支払いは済ませてしまっており、また、かねてより申請時の控えなどのコピーを提示するよう再三お願いしていたのですが、Ｐ社営業マンにかわされ続け、引き渡し日にようやくコピーを頂き、このような事態に気づいた次第です。もう泣き寝入りをするしかないのでしょうか・・・