長期優良住宅申請取り消しについて

回答よろしくお願いします。
以前、工期の遅れで質問しましたが、そこからまたトラブルに発展しました。
完成が７月末であったのが、工期の遅れが発生したとのことで９月中旬完成の変更になりました。
現在、大工工事が終了し、あとはクロスのみの状態で１ヶ月半の遅れはおかしいと思い、HMに問い合わせたところ、中間検査と長期優良の申請が行われていない事が判明しました。
色々調べたところ、長期優良住宅申請は、着工前に行わないと通らない事を知りました。
長期優良は、７月２９日に申請交付書が市の方からでましたが、明らかにおかしな事が多く、気になったので、工期の手順が大丈夫なのか、最初住まいるダイヤルという機関に質問したところ、市に聞くのが一番確実であると返答を頂きました
そこで、市の建築指導課に問い合わせたところ、中間検査は、民間企業であれば、今の時期に申請しても通る可能性があるが、長期優良はおかしいとのことでした。
市の方から、申請書類確認し、協議しますとの返答で、その日に再度連絡があり、
「申請書類に虚偽記載があり長期優良住宅の申請取り消しをおこないます」
と回答がありました。
要するに、現在着工していない事になっており、申請後着工するという内容の書類だったようです。
昨日中間検査をおこなっているので、いまから長期優良を申請することは出来ない状態になりました。
市の方も現場を確認しているようで、中間検査も通るか微妙な状態です。
HMに問いただしたところ、虚偽記載を認め、長期優良分は保証しますとのことですが、このままで大丈夫なのか心配です。
皆さんお聞きしたいのは、保証はどのようなことが要求出来るのか？
また、今後考えられるトラブルはないか？
私に必要な知識と対応方法です。

乱文失礼しますが、早急に回答頂ければ非常に助かります
よろしくお願いします