『見栄え』というのは、大切なことです。

まずは、新居のご購入、おめでとうございます！
しかし、ご質問を読ませていただいた限り、手放しにお祝いできないようですね…

文章でのやり取りですので、私の理解不足がございましたらご容赦ください。
私は下記の要点を考慮いたしました。
・施工会社も一度は「修理」となった。
・再調査を行い、波打ちは「0.5mm程度」の高低差だった。
・施工ミスかどうかの判断根拠が不明確。

さて、本題でございます。
建物は様々な部材を組み合わせて作るので、「材料の繋ぎ目」というものが存在します。
文章のイメージから石膏ボード下地にビニールクロスを貼った天井だと感じましたが、例えばその際には石膏ボードの繋ぎ目をパテで埋めて平滑感にします。
その他の要因がない事もないのですが、どのような場合においても、それらは「人」が作るものですので、完全な「平滑」はありえませんが、一般的には人の目には「平ら」に見えるはずです。

しかし、良い悪いという事ではなく、光の当たり方によっては、繋ぎ目部分が非常に目立ってしまうことがあります。

結論としましては、アリーナさんにとって、波打ったような天井の見栄えは許容できないと感じ、施工会社さんは一度は修理してくれると言っているので、当初の提案の通り「修理」に協力してもらってはいかがでしょうか？

因みにこれは、例えば0.5mmだったらOKで、0.7mmだったらOUTというような数値的な話ではありませんし、いわゆる施工不良を懸念するような内容でも無い様に感じました。
あくまでも「見栄え」の観点です。

個人的には0.5mmの波打ちはごくごく普通の施工誤差であり、そこに問題は無いと思います。
しかし、今回は個別要因でそれが目立ってしまったという感じですね。

もし、アリーナさんが修理をご選択されるとしたら、お好みもあるでしょうが、同じビニールクロス材では無く、比較的厚みを感じる同等品が良いと思います。
そういう材料を選択すれば、0.5mmの高低誤差を吸収してくれるので、改善が見込めると思いますよ！

最初から「修理」を提案してくれる施工会社さんに私は好感が持てましたので、ぜひ、アリーナさんに協力してもらっちゃいましょう！(笑)

実際に修理になればアリーナさんのご苦労もあるとは思いますが、少しでも早くアリーナさんが新居生活を満喫できますよう願っております！