傷病手当、有給休暇について　とっても悩んでます。

はじめまして、こんにちわ。今、私は鬱病と社会不安障害のため休職し傷病手当を受けています。休職いた当初、給与や有給の誤計算で総務ともめ、上司をはじめ会社全体を信用できず復帰どころか休養するのも罪悪感を感じ今月31日で退職することにしました。退職後、傷病手当を受けられるかは県の保健協会に確認し受けられるということでしたが手続きや保険料や年金の納付はどのようにしたらよいのでしょうか。県の保健協会の方は市の社保に問い合わせてくれということで電話をしましたが、社保の方には県保にと言われ相談に応じてもらえませんでした。 また傷病手当の金額が先月減額になっていたので県保で聞いたら基本給が減ったからですとのことでした。しかし会社からの給与明細は休職する前からの基本給のままで保険料や年金の額も9月からの改正の県の表と照らし合わせても数字があいません。保険料や年金が多めにひかれています。どの数字が何が本当なのかわからず会社も信用できないので不安です。家の支払いもあるので、なるべく早く働きたいのですが体調が思うようにならず焦る毎日です。
あと有給休暇の件ですが23日残っていましたが傷病手当との兼ね合いもありほとんど会社の言われるがままに買取という形になりました。会社が残りの有給を全て買取、三分の一を私に支払うということでしたが違法にはならないのでしょうか？また、何故三分の一しかもらえないのでしょうか。なにか法律で決まりがあるのですか。 ちなみに退職日で在籍3年、傷病手当は今年の5月からうけています。 ゆっくり休みたくて退職を決意しましたが、金銭面が不安でなやんでいます。会社にきちんと話すべきか、しかしそれもかなりの勇気がいるので悩んでいます。どうかアドバイスお願いいたします。