年末調整時の妻の雑所得について

お世話になります。４７歳、サラリーマンです。会社の年末調整時にＨ２４年度の妻の収入見込み額を提出しました。パートで２社で仕事をしています。１社は給与所得で４８万円ですが、もう１社は、冠婚葬祭の司会業をしており、雑所得として７６万円ほどあり、合計で１２４万円ほどになります。よって、扶養は外れますが、１３０万円以下には収まってます。冠婚葬祭の司会業の７６万円の雑所得には交通費が含まれており、交通費を算出すると２４万円ほどかかってます。

ご質問なのですが、

１）会社からは、１０３万円を超えているので扶養から外れると言われたのですが、交通費２４万円を引くと、妻の所得合計は１００万円になるのですが、会社の年末調整時には扶養にならないのでしょうか？

２）会社からは、税金（交通費）の還付として、このケースは、妻が確定申告後に夫が再度、確定申告をするしかないと言われたのですが、それで間違いないでしょうか？

３）妻の確定申告時に雑所得分の交通費を申請するのですが、バス・電車なので領収書はありませんが、問題ないでしょうか？（かかった費用はまとめてます）

４）妻が給与所得＋雑所得を確定申告する際、必要書類を教えてください。

５）Ｈ２３年度に妻が雑所得の確定申告を初めて行ったようですが、交通費を申請
するのを忘れていたようです。この場合、Ｈ２５年３月までに申請すれば還付可能でしょうか？また、提出書類として、Ｈ２３年分の給与明細を会社でもらう必要がありますか？それとも市役所で収入証明書をもらえば宜しいでしょうか？

長々と申し訳ございませんが、会社の総務課からは、頼りない返答しか来ませんので先生方のアドバイスをどうぞ宜しくお願い申し上げます。