減額というのはおかしいでしょう。

　聞く耳を持たないというのは困りましたね。
　時間の捉え方を整理すると、以下のようになります。

○所定労働時間
　始業から終業までの休憩・残業を含まない時間。就業時間とも言われる。(この場合は7時間)
○実働時間
　所定労働時間と残業時間をあわせた実際に労働する時間で、休憩時間は含まない。普通労働時間というと実働時間を指す。(この場合は7時間+残業-遅刻早退)
○拘束時間
　実働時間と休憩時間を合算した時間で、使用者の支配下に置かれる時間をいう。(この場合は8時間)

　日給月給制との事なので、所定労働時間(7時間)×所定労働日の賃金を月額で決め、実働時間に合わせて残業支給と欠勤控除を行う形だと思いますが、そもそも1日7時間を所定労働時間として賃金決定している訳ですから、1日8時間から不足しているから減額というのはおかしいでしょう。契約上の文言を見た範囲でも、そのような解釈になると思います。

　また残業割増について、法律では1日8時間を超える労働に対しては、割増賃金を支払わなければならないとなっています。ご質問の早番でいえば、17:00〜18:00までの労働は1日の労働時間が8時間を超えていないので割増賃金は不要になります。ただし割増をしていない通常の時間単価での残業代支給は、当然必要になります。
　社長様は、このあたりを混乱して解釈しているのではないでしょうか。

　また、割増賃金を「月間所定実働日数×8時間を超えた時間に対して」となっていますが、これだと例えば4日間を9H、9H、7H、7Hと働いた場合、4時間残業のうち2時間分は割増が本来ですが、月間で丸められて割増分が無くなり、法定基準に届かないのではないかと思います。

　いずれにしても減額されるような処理はおかしいと思いますので、上記のような指摘を受けたという事で、何とか話し合う努力をして見てください。どうしても折り合いがつかなければ労基署などに相談するような方法もあろうかと思います。