粘り強く

はじめまして。
design sdtuio bAOBabの鈴木と申します。

まず一つ考えられるのは今の時期は原油高騰により通常価格に比べ1割〜2割高に商品がなっているため、少なからず影響はあると思われます。
しかし1000万近くのオーバーとなると根本的な問題があるのではないでしょうか。
文面では判断しにくいのですが、40坪というのが施工床面積(吹抜けやバルコニーなど含む面積)になっているかどうか。もしなっていないようであれば、その分が自然とコストアップになります。もう一度確認してみてください。

コストダウンをするには、小さな所を少しずつ削ったとしてもなかなか下がらないので大きな面積部分である外壁、屋根、内壁、天井、床などの仕様を再検討する。
設備機器の仕様を検討する。
全体が下がれば経費も下がる。
優先順位を決めて1期工事、2期工事という具合に分けて考える。
後でもできることは削る。
という事でコストダウンをするのですが、これらで落ちるのは工事費の1割強程度だと思います。
時々、数量間違い、計算違いというのもありますのでよく見積書は見た方が良いでしょう。
あと金額の高い物をピックアップしてその金額が妥当かどうか検討が必要です。

実際、設計をしていて思った通りの金額になる事もありますが、大抵はコストオーバーになりがちです。建築資材の値段は設計者でもわかりにくい値段の付け方をしているものも中にはあります。

本来なら、相見積りをして比較検討すると良い(工務店によって経費率や仕入れの値段が違いますので安く出る場合もあるし、高く出る場合もあります)のですが、もし出来ないのならもう一度、頼まれた工務店や設計士の方に細かい説明をしてもらって、見積書を精査してみてください。

大変でしょうが、一生住まわれる家です。妥協せず、粘り強くいくことも必要かと思います。