自身のスキルとビジネスの目論見の確認から

諸先輩方のご意見、かつて独立の道を選択した僕自身が教えを乞いたかったくらいですね（笑）。

企業家として通ってきた道を踏まえた回答であり、たっつん殿がここに答えを求められたことは大正解だと思いますよ。

すこし厳しい話になるかもしれませんが僕からの応援メッセージを。

おそらく、早い時期に掲げた理想や目論見は、現実を前に方向修正をせまられるでしょう。
ここが、たっつん殿が最初に試される時だと思います。
多くの起業家が、場当たり的に価格を下げる道を選び、それが間違った道であったと気づくのはうんと先のことです。
たっつん殿、起業当初からパーソナルブランディングにはこだわってください。
看板を一度失ってからのスタートです。
一人で抱えることのできる業務範囲なんて、たかが知れています。
だからこそ、人脈作りとスキルのブラッシュアップにはこだわってください。

Webならば、開発よりもマーケティングとクリエイティブが勝負です。

１．値段交渉

たっつん殿の得意な業務領域が活かせるなら、そして、実績の点数が高いと判断するなら若さと心意気で少々コストを度外視してもOKではないでしょうか。
その代わり、完了後にたっつん殿の応援団となるよう計画に組み込みます。
ブランディングの第一歩です。

２．報酬請求

これは、契約如何で変わります。
最低でも数十万単位の業務になるはずですから、契約書は交わしましょう。
そのためにも、見積り、契約、請求等のフォーマットは事前に作成が必須です。
これらは、ネット上でも充分雛形の入手が可能です。

３．確定申告

起業形態により異なりますし、申告方法（青色/白色）によっても違います。
税務署では各種説明会を行っていますし、起業、会計、税務に関しては書籍にも不自由しないはずです。
一通りの会計の知識と財務会計ソフトの導入は必須です。