扉の周囲に空き（クリアランス）と床下収納の外周に断念材を。

はじめまして mukuzai さま。

中辻正明・都市建築研究室の中辻正明と申します。

床下収納の扉が開かないと不便ですね。
梅雨から夏にかけて無垢材は伸びるので、
フローリング部分と扉の周囲の空き（クリアランス）が
足りなかったのが原因と思われます。

一般的な床下収納は周囲に金具が回っています。
それは気密性、断熱性の向上の他、
シート床や複合フローリングなどが
めくれたり、小口がこすれないように保護するとともに
施工がし易いようになっています。
（多少、ガタガタだったり隙間があっても判らなくなります）

大工さんがあえて手作りされたというのは
わざわざ難しい仕事をされているので
きっと、こだわりの丁寧な仕事なのだと思います。
良いように解釈するとキレイに見えるように
フローリングと扉の空き（クリアランス）も
できる限り小さくしたのかもしれません。

今は無垢材が伸びている時期なので
扉の周囲をしっかり削ると
冬は縮んで扉の周囲の空き（クリアランス）が
大きくなり過ぎる可能性があります。

大工さんにご相談して、
今は扉が開くよう最低限だけ削ってもらって下さい。
そして冬の様子を見て、
来夏に必要であれば、もう一度、調整してもらうのが良いと思います。

無垢材は施工からワンクール（１年間ぐらい）は
様子見をするべきです。
そのうちに伸び縮みが収まってきます。

ちなみに床下収納の外周は断熱と通気止めができていますか？

床下から流れ込んだ湿気や温度変化に対して、
床下収納の扉がダイレクトに曝されるようなら
扉の無垢材の伸び縮みは大きくなり、長い期間、続きます。

床下収納の中の物や、せっかくの手作りの床下収納を長持ちさせるためにも
断熱と通気止めがしっかり施工されているか
ご確認してみることもオススメいたします。