「始業時刻15分前に来て準備をすること」が当たり前と上司から指示されたら

職場の環境が不明なので、コメントはできませんが、文章から窺えることについての一般論を順を追って一言。

1　定時(8:00)前に来て準備をすることが仕事柄当然であれば、それはそれでいいのですが、上司から口頭で指示があればこれは業務命令です。従って、その時間は時間外労働となり割増賃金の支払が必要です。支払われていなければ賃金未払い事案となります。

2　「通常の残業」=時間外労働と解釈しますと「上司が認める時のみ申請する(orできる)」というのは不自然です。これも時間外労働を指示された場合は認めるなどということは不要で(認める・認めないという以前に、作業を命令されているわけですから)当然に、時間外労働=割増賃金の支払が必要、ということになります。

3　「タイムカードの時刻の横に・・・記入し・・・無視されます」の意味が不明なのですが、「タイムカードは実際の時刻を打刻するが、給与計算のときはタイムカードが計算した労働時間等が無視される=実際の労働時間より少ない時間数の賃金が支払われている」と解釈しますと、これも労働基準法違反は明白です。

4　遅刻の場合の賃金カット及び勤勉手当の支払については、職場の就業規則に「遅刻の場合の賃金控除」「勤勉手当の支給要件」についての規定があるはずですからご確認を。ただ、1分遅刻したら15分カットというのは、懲戒規程との関連もありますので、・・・。

5　年次有給休暇の取得手続と運用方法については、職種によりますが、少なくとも前日の5時(終業時刻の17:00と思いますが)までに申出ることというのは明日の人員配置等を考えれば当然と思われますが、当日の体調不良などによる場合は、始業前に連絡すれば有給休暇として取り扱うというのが親切ではないかと思いますが・・・。

結論：あなたのいわれることは甘いどころかメインテーマは「サービス残業」です。1から4に記しましたとおりです。賃金未払いについての請求の時効は2年です。これを立証するものとしては「タイムカード」及び「賃金計算書(明細書)」です。大事に保存しておいて下さい。あと15分前に出勤した日などタイムカードに現れないことは、日記帳(メモ帳)に克明に記録しておけば・・・。