難しいですがしっかり読んで理解して下さい。

契約書は専門用語も多く難しい文章ですね。
しかし、お互いにトラブルが回避できるために交わすものなので、
しっかり読んで、内容を理解して、契約を交わす必要があります。

まず、工務店さんの契約書は２ページだけということなので、
それは契約書だけで契約約款がついていないということだと思います。
約款とは契約の内容の詳細が書いているもので、特に何かあったときの対処方法などが決められています。
民間（旧四会）連合の契約書とはこの約款のことだと思われますので、
約款は付けなければなりません。
工務店の契約書に民間（旧四会）連合の約款を付けてもかまいません。
たま、両者の合意のもとで約款の内容を変更してもかまいません。
ですので、約款を良く読んで理解し、その上で内容の変更に応じた方がいいと思います。

次に工事請負契約書は、建設業法で相互で交わすことが決められています。
また、全ての正式な契約書には印紙を貼る必要があります。
契約書の形式や内容には関係ありません。
２通作成した同じ契約書にそれぞれ印紙を貼り、印紙とそれぞれの契約書の重ね合わせに、
両者の割り印をし、できれば余白に捨て印をします。

契約書はトラブルがなければ特に活躍するものではありません。
しかし、工事請負契約のように額が大きく、業者は慣れていても、
建て主さんは初めてということが多いので、
面倒でもしっかり内容を理解し、不明な点を残さないように、契約を交わして下さい。