全ての柱が集成材なのでしょうか？

ＨＩＲＯＥ様
お住まいの新築で工務店と気持ちのすれ違いが起こってしまうのは、非常に残念です。
一番良い方法は、工事をしている工務店が、誠実な対応をして、ＨＩＲＯＥ様が安心して工事を見守れる状態に戻ることだと思います。

内容について質問をさせていただきます。
１．
柱は全て集成材ですか？
一般的に集成材を使う場所は、大きな材料が必要な梁が多く、柱は１２cmや１０．５ｃｍなので、製材が多いです。
大黒柱のような大きな柱の場合、最近は大きな材料が少ないので、集成材を利用することもあります。

２．
使われている集成材は、ＪＡＳマーク（日本農林規格）が付いていますか？
構造用の集成材は、このマークと、Ｅ１０５−Ｆ３００といった、強度を示す数値が書かれています。
これが無いとその材料が構造材として適切でない可能性があります。
集成材だから強くて丈夫というわけではなく、しっかりとした規格で作られていなければなりません。
逆に言うと、これが有れば強度的には安心しても良いと思います。

３．
集成材と製材の値段は、単純には比較できませんが、普通のサイズなら集成材の方が高いです。ただ、普通のサイズの柱なら、値段の低い国産の柱でも十分です。
耐震性については、柱ではなく、筋交いや、柱に打ち付ける合板で決まるので、柱が変わっても大きく変わりません。

以上から、質問１で、数が少なければ補強しながら柱を変更できる可能性は有ります。（工務店負担で）
この対応で済むのが、両者にとって感情的なわだかまりも無く工事が進められますのでベストと思います。

質問２では、材料が正規の物でない場合は、かなり大きな問題なので、やり直す必要もあり得ます。
工務店が申請している瑕疵担保保険の検査が通らない可能性もあります。
当然やり直しは工務店が費用負担です。

質問３は、集成材と製材を比較して、集成材が高いから良い、というのは筋が通りません。必要な部材を適切なコストで施工するべきで、わざわざ求めていない物を使う必要はありません。
言い訳の部分もあると思いますので、客観的な見積書や価格表の様な物を見せてもらった方が良いでしょう。

工務店への不信感は、家が出来た後も残るので、今の段階でなるべくすっきりさせることをお薦めします。
今回納得いく方向で改善された後は、とにかく説明を書面で出してもらって下さい。