繰り上げ返済される方がいいと思います。

愛知県でファイナンシャルプランナー＆モーゲージプランナー(住宅ローンの斡旋人)をしております小澤と申します。

繰り上げ返済は、満期の都度される方がよろしいと思います。
繰り上げ返済されるのであれば、高い方の金利からがいいでしょう。ただし、変動金利は向こう5年間返済金額は変わりませんが、半年ごとに金利の見直しがあります。上昇すれば、元金返済は先延ばし、金利上昇分＋当初優遇と5年後の優遇金利の差＋元本先送り分が返済額のアップになります。極端にアップするようであれば、アップ分だけを変動金利分に繰り上げ返済されてもいいと思います。
ただし、ご相談にもあるように住宅取得控除がありますので、例えば、満期の保険金を2.6%マイナス1(1.2)%＝1.6(1.4)%以上の運用ができれば、繰り上げ返済はされなくてもいいと思います。それは、10年経過しても同じことが言えます。

繰り上げ返済はあくまでも余裕資金で行ってください。その際の注意点としまして、最近は繰り上げ返済流行り?で、皆さんより軽減効果のある期間短縮型を選択されていらっしゃいます。しかし、将来返済が苦しくなった場合の借り換えは、基本的に残債務の返済期間でしか借り換えができません。返済額軽減型を選ばれて、更に今までの返済額との差額を次の繰り上げ返済資金に回せば、利息軽減効果は変わりません。繰り上げ返済時にはご一考ください。