戸建新築住宅での全館空調と工法との相性について

ランニングコストは主に熱損失量によってかわってくると思います。
お書きいただいた仕様はどちらも4地域次世代省エネ基準を満足していますので断熱材の厚さだけをみると大差はないと思います。
熱は弱いところからにげていきますので施工精度でかなり変ってきます。『断熱材ですっぽり包み、隙間なく施工する』ことが大変重要です。
天井、壁の取り合い部分、玄関土間床部分の壁(基礎部分)、床下収納庫や点検口のふた、ユニットバス廻りなど注意が必要です、特にユニットバスの床は断熱されてない場合が多くさらに床下はメンテナンスのために点検口があるので外気が流入し熱が逃げていきます。
ロックウールは水分を含むと断熱性能が落ちるため室内側に防湿気密シートを施工する必要があります。
最近は防湿シートの袋入りものを使用し防湿気密シートを施工しない場合もありますが、お勧めはできません。
ロックウールは定尺ものだけで施工はできないので切ったり貼ったりして敷き詰めていきます。破いた袋をすべて補修したりしなければならないので施工不良の原因になります。
断熱材の厚さだけにとらわれず細部にわたり気を使って施工することが重要です。
通気層は基礎水切りから空気を流入させ軒裏や棟部の換気口により排出させることにより壁体内結
露を防止し温度を下げる効果があります。
一般的は約5℃違うといわれており夏季には有効な手段です。
耐震性についてもプランがおなじであればあまり変りはないと思います、2×4の場合在来工法よりもプランの制約が多い為、耐震性に優れているといわれていますが、阪神大震災以降の法改正で在来工法も規制が増えたので工法に依る違いはあまりないと思います。
制震装置についてはメーカーのカタログ値であり法律的根拠はまだありません。余力として設計されているので、そのように考えていただいたほうがよいと思います。

「ランニングコストに違いが出ないのか?」というご質問ですが、全く同じ間取り、形、開口部などのモデルを作って、夫々の建物全体の熱損失係数(Q値)と隙間相当面積(C値)を求め、負荷計算をしてみれば、計算上の違いがでるのかもしれませんが、全く同じ温度条件の元で夫々の全館空調システムを1ヶ月間稼働させてみなければランニングコストにどのような差がでるのか、実際の所は誰にも分かりません。

随分前に、建築家の安藤忠雄氏と宇宙飛行士の毛利衛さんの対談というのをテレビで見た時に印象に残っていることがあるのですが、安藤さんが
「家は自然が身地かに感じられた方がいい」
と言うと、毛利さんは
「科学技術がこれだけ発達したのだから、外界の気候条件に関わらず、空調で快適な室内環境で過ごせる家がいい」
と言うのを聞いて、私は大変驚かされたのです。
確かにオフィスビルや公共施設のように住宅だって全館空調して快適な室内環境をつくる事ができるのです。砂漠の国であろうと、アラスカであろうと全館空調してしまえば、どこでも同じ家を造る事ができます。しかし、あえてそれをしないのは、やはり安藤さん的な感覚を私達設計者自身が持っているからなのかもしれません。
家というのは、その土地の気候風土の中で建築的な手法によってどれだけ良好な室内環境を作り出せるか、という「形」をしているのです。
できるだけ自然の力を利用して、不足する部分をできるだけ僅かなエネルギーで補おう、というのが、いわゆる「パッシブデザイン」という考え方で、長い歴史を通して世界中の家がそのように造られてきました。
しかし、全館空調住宅には敵いません。そこまでの室内環境を作り出す事はなかなかできません。