職務においての資格手当について

はじめまして。
私はある企業の代理店において契約社員で在職中です。

代理店スタッフとして業務における資格制度が企業で設けられ、スタッフが資格試験に合格すると、手当がもらえます。
企業から代理店に、そしてスタッフへ支払われる流れです。
その支払いについて疑問、不満を感じています。
それは、昨年中に同じ代理店内で支店移動をした際にわかった事ですが以前の支店では企業から支払われる全額がスタッフへ支払われていて、支店移動後には半額しかスタッフへ支払われませんでした。
ちなみに、資格制度の内容や資格を取り消されているわけでもありません。まして支店が変わっただけで、業務内容も全く変わっておりません。

この事実について、支店の上司へ問い合わせをしたところ、
・この支店で手当が半額なのは知っている。
・自分もおかしいとは感じている。

半額になっている理由については
・同じ代理店の他の企業で行われる同じ様な資格試験、研修等の 交通費に充当してる。（私には関係の無いスタッフの交通費 になる）
・代理店の支店営業を開始した当時からのなごりの様な運営で
改善する機会が無い。

今後の方針については
・改善できるような話し合いの機会があれば、改善できるように 意見を会社の上部にあげておく。
・すぐには改善できる約束はできないが、我慢をしてほしい。

と、とても納得のできない回答でした。
その後の進捗状況を確認してはおりませんが、上司と会社の上部がこの件について話し合いが設けられる機会も期待できないです。
それでも上司の言葉を信じ、泣き寝入りしなくてはならないでしょうか。
いくら代理店の方針とはいえ、個人が獲得した資格手当を代理店の利益として扱っている事に納得ができません。

改善できる方法があれば教えていただきたいです。
よろしくお願い申し上げます。