年末調整後に入籍。子供の扶養は私か彼どちらがいいか

専門的な分野の為知識が乏しいので、専門家の意見をご教授下さい。
会社の年末調整が既に終了した12月末の年末休暇に入籍しました。私には５歳の子供がいて、養子縁組の申請も同時に済ませました。
現在２人の働く県が違う為にしばらくは別居婚の状態です。

年明け会社のほうに（社内結婚なのですが働く支店が別々の為、それぞれの支店総務へ申請）身上届けの変更をおこなったところ、私の方は2008年度の寡婦控除が取消しになり年末調整をやり直し後日徴収金が発生すると言われました。それは覚悟していたことなのですが、総務より子供の扶養は2008年度は私の扶養にしておいて2009年度から彼の方に移して下さい。そうすれば片方の支店の年末調整修正ですみますのでということを言われ、子供が私の扶養になっている2008年度の修正された源泉徴収が手元に届きました。
彼に確認すると彼の支店ではまだ源泉徴収修正の手続きは進んでいないとのことです。
２人の中では彼の方が収入が多いので2008年度も彼の扶養にした方がいいのではないかと考えていたのですが、会社の言っている方法の方が私たちの税金（徴収金・還付金の戻り等）が得になっているのでしょうか？
今は会社の言っている方法で変更を行い、後日個人で確定申告した方がいいなど良い方法があればアドバイスを宜しくお願い致します。

補足ですが、私は３月退職なので４月からは彼の扶養に入ることになります。