納得できる解決法を教えてください。

ハウスメーカーに土地から住宅建築に携わっていただきました。

今までの流れです。
・9月中旬に土地・住宅メーカーの契約。
・9月下旬に地盤調査。
・10月中旬に地盤調査の結果、問題なし。
・11月に土地の決済・登記。
・土地の登記後に建築確認申請提出して、ハウスメーカーの設計士が我が家の土地の東側・南側に市の保有する土地（3平米ほど）があることに気がつく。

現在わかっていること。
・我が家は南面に道路が接している（市の保有地を通る必要がある）。役所に確認したところ書類を提出すればコンクリートなら打ってもよいが塀などの建物は建てられないとのこと。
・土地の売買も可能だそうだが面積も狭く役所もめんどくさそうな雰囲気。買う必要はない土地だと不動産屋。
・土地の売主・不動産屋は明石市の保有地であったことはまったく知らなかった。ハウスメーカーの営業担当は「図面上、市の土地との境界線らしきところに点が打ってあったが正直、気に留めていなかったと。南側の道路に我が家の土地が平行していたと思っていた。経験不足です。まったく目がいってませんでした。」と話す。
・突き詰めていくと、わが土地が分岐するときに元々の土地の不動産屋（？）と市役所の方でそのような土地の取り決め（一部市の保有地）がなされたとのこと。

疑問
・私たちはどう理解するべきでしょうか。納得せざる終えないのでしょうか？
・誰かのせいにするつもりはありませんが、地盤調査の時点などもっと早くにわかったのではないでしょうか？（わかった所で契約をすんでますが、知って話を進めるのと着工間近かでこんな話が出てくるのでは、受け入れが違うと思います。）
・売主も不動産屋もハウスマーカーも「知りませんでした。」の平謝り。できれば皆さんそれぞれにお世話になってますし、せっかくの新築ですからいやな思いを残したままで進めるのは、非常に非常に辛いです。円満解決を希望してます。

みなさま、どうぞアドバイスをいただければと思います。そして、素人ですので勘違いなどを私自身が起こしている可能性もありますのでその点も何かありましたらご指摘ください。どうぞ宜しくお願いします。