代表取締役を解任させたい

経営コンサルタントをしています中小企業診断士の八ッ波（やつなみ）と申します。一般論（会社法の規定）でお答します。
（１）代表取締役の解任方法： 取締役の選任・解任は株主総会で行います。
ご質問の趣旨からすると、代表権のみ外すのではないので、株主総会を開催し過半数の決議で取締役の解任ができます。（当然に代表権なくなる）
（２）取締役解任と会社との関係； 取締役は従業員ではないので、取締役を解任すると会社とは関係ない身分（従業員ではない）になります。ただし一般的には取締役営業部長など会社の使用人（従業員）の地位あるため、解任しても従業員としての身分が残ります。ただし、代表取締役は、実態は別として使用人兼務取締役とはなりません。
（３）株式の価値； 会社評価の目安の一例を上げます。 会社の価値＝自己資本額＋経常利益の３年分 御社の場合は、自己資本（資本金＋内部留保等＝資本の部合計額）がゼロに近く、最近は経常利益もあまりないと思われ、株式価値はゼロに近いのではと推測します。
（４）（５）解任理由と訴訟リスク： 経営不振（赤字や債務超過への転落等）により、代表取締役が交替する事例（任期満了で退任し、新たな代表者を選任）は多くあります。 任期の途中での解任は、経済環境の変動に対処できる新たな適任者を代表とするため等の理由が一般的と思われます。解任は株主総会の決議によるため、株主総会の開催手続きや議決の方法等の適法性が第一です。
解任による損害賠償請求に関しては、不当な解任が問題になり得ますが、解任理由は業務執行能力が経営者として劣り、会社経営に悪影響を及ぼしている状況があるため、不当な解任ではありません。
また、株主総会の決議により役員退職金を支給するのが一般的ですが、会社の状況が悪く、その原因が代表者にある場合には支給しないケースもあります。
（６）代表の保有株式： 株式を保有するか売却するかは保有者の意思に寄ります。ただし、保有者が好ましくない第三者に売却するのを防ぐため、小企業では譲渡制限株式とすることが一般的です。御社の定款で譲渡制限（会社の承認を要する）と定めてあれば勝手に売却はできません。
（７）以下は補足へ