全社統制+個別にプロセス追加で

以下、お答えいたします。

持分法適用関連会社に関して「実施基準」に以下の記述があります。
※丸数字は1)2)等に読み替え
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2.(2)1)重要な事業拠点の選定
(注3)
関連会社については(略)別途、各関連会社が有する財務諸表に対する影響の重要性を勘案して評価対象を決定する。

2)重要な事業拠点の選定
イ.1)で選定した重要な事業拠点における(持分法適用となる関連会社を除く。)における、(略)業務プロセスは、原則として、すべてを評価対象とする。
ロ.2)で選定された事業拠点及びそれ以外の事業拠点について、財務報告への影響を勘案して、重要性の大きい業務プロセスについては、個別に評価対象に追加する。
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字義どおりに解釈すれば
イ.→明記されているので対象外
ロ.→個別にプロセスを追加する余地あり
となります。

また「財務報告に係る内部統制に監査に関する実務上の取扱い」(82号報告)では
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7.4)持分法適用関連会社の取扱い
「(略)〜虚偽記載リスクの大きい業務プロセスがあれば、経営者が個別に評価対象に追加することを検討しているかどうかを検証する。」
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とあり
・その関連会社の内部統制報告書・内部統制監査報告書があれば利用可能
・子会社と同様の評価が行えない場合には、全社統制を中心に「質問」「聞き取り」「報告書等の閲覧」による評価が行われるかどうかを検討
とされています。監査サイドでの要件が上記のとおりなので、会社サイドでそれを超える範囲を評価する必要はないと考えてよいでしょう。

IT統制に関しては特に言及がないので、子会社と同様の評価は必要ないでしょう。

まとめると
・全社統制(IT、FR含む)を質問形式で→必要
・PLC(FRを含む)→虚偽表示リスクの高いプロセスを個別に追加することを検討
・IT統制→不要
になろうかと思います。

以上はあくまで一般論です。監査人と十分協議して評価方針を決めてください。