親指のどの場所ですか?

親指全体ですか?先だけですか?
親指の腹側ですか?背中側(指先は大丈夫)ですか?
不定期の指の痛みだと分かりにくいかとは思いますが、それによって、さまざまな問題が考えられます。

痛みの出方からすると、首などの神経の痛みでなさそうです。通常、首などで神経が障害を受けると、首の動きで痺れが出てきて、さらに肘をぶつけたときの痛みとして出てきます。

また、首よりずっと下で、痺れが出ていた場合で、有名な物は胸郭出口症候群と呼ばれるものですが、かなり有名なので、症状があるときに、整形外科や鍼に行けば、まず見つかるはずです。

そのため、肘より下の場所で、神経が圧迫されると、同じような症状がでますが、神経に詳しくないとしっかりとした原因を見つけることが困難になります。ペインクリニックなどは首近くの神経は詳しいですが、手先足先に行けば行くほど、微妙になってきます。

また、筋肉の強い緊張かとも思っています。意外に盲点で、よく見逃されて、うちに来院され、いままで何だったんだろうと言うことによくなります。
その他、関節の問題でも、重だるい痛みを感じることがあります。

いずれにせよ、ある程度神経に造詣の深い先生に掛かってみると、もしかしたらすんなりと分かるかもしれません。

ただし、注意事項としては、出来れば症状が出ているときに掛かる方が、症状などもリアルタイムで分かり、判断がより正確になると思います。

ご参考になれば幸いです。