重大な局面ではないでしょうか。

申しわけないのですが、文面が簡単すぎて状況が全くわかりません。これでは対応できませんが、重大な局面を迎えられているのではないでしょうか。耐震以前の問題として、大いに問題があると思います。

引き渡しを受けられていますので、敷地内に勝手に入らないように、勝手に工事を行わないように伝えなければなりません。また、やりとりはすべて書面で行った方がいいと思います。

確認申請を行い、工事を進めているわけですから、完了検査記録ならびに検査済証があると思います。それには完了検査を行い、確認済証を出した認定機関（または行政の建築課）が明記してありますので、まずは、そちらへ連絡し、確認されたらいかがでしょうか。

認定機関が問題ないと言うのであれば、少なくとも構造的には問題ないと考えるしかありません。問題ありなら対処の方法を相談したらいいと思います。

次は基礎と外壁（あるいは土台や柱はどうなのでしょうか）がずれていると思われますので、それを補修、補強する必要が出てくると思います。

まずは、相手に、以下の内容で報告書を提出するように伝えたらよいと思います。もちろん責任者の署名捺印が必要です。
１．現状報告ならびに設計図との食い違い
２．その原因の究明について
３．問題のありかや瑕疵について
４．補修ならびに補強方法
５．改修工事工程

きちんと対処なさる必要があると思います。わからないことがありましたら、ご遠慮なくどうぞ。

島崎義治/株式会社島崎義治建築設計事務所
2012年、13年グッドデザイン賞を受賞しました
http://architect-studio.com