敷地の弱点を素直に受け止めて設計を

はじめまして、宮原建築設計室の宮原輝夫です。

ご質問拝見致しました。
他の方も書かれていますので、詳細を重ねては申し上げはしませんが、
建築家の私としては、特に（というか何ら）問題が無い敷地に感じます。
ご要望がわからないので不確かではありますが、建ぺい率が小さければ中庭を、
大きめなら吹抜を採用する事でお悩みは解決出来るのでは？
これにスキップフロアを組み合わせれば、お二人の為の大きな２階建てワンルーム空間もつくれます。
要は設計次第という事になります。

もちろん普通の総２階箱型住宅よりも、床面積に対してのコストは少々必要だと思いますが、
敷地の弱点を克服する為と同時に、より良い住空間（例えば高い開放性やプライバシー性、安全性、
空間の連続性などなど）が得られるのであれば、少々高いコストをかける理由もあるでしょう。

ぜひ一度、土地を購入前に建築家にご相談下さい。
どの様な解決方法が有るか、可能性が有るか、皆さんのお悩みは実はあっさり解決できる事が多いのです。

参考になるかどうか判りませんが、事例を添付しておきます。

House_Tj
2階建ての中庭付き住宅です。建ぺい率は40%でした。
http://www.architect-works.com/index_h_tj.html

House_N
2階建ての鉄筋コンクリート造の住宅で、密集地に建つ住宅です。
下記リンクからHouse_Nへお進み下さい。
http://www.miyahara-arch.com/index_works.html

gongon2013さん、素敵な住宅になる事を願っております。