悩ましい問題ですね。

かなり悩ましい問題ですね。私も実際にはこのような経験がありません。建築家が住まいづくりにかかわれば、信頼できる業者を推薦し、その中から、工事費の安さだけではなく、技術力や人間性などを総合的に判断して業者を選定しています。
このような問題はあらかじめ起こらないように十分に、慎重に検討を行うからです。

１）住宅完成保証制度
取り扱う会社や機関が複数あり、それぞれ資格条件が異なるようですが、住宅保証機構（http://www.mamoris.jp/kansei/jigyousya/touroku-1.html）の場合では、それほど厳しい基準とは感じられませんので、登録できないとすれば、かなり問題であると感じます。

２）建物の所有権について
むしろ、この点が最も重要で悩ましい問題かもしれません。
仮に、住宅完成保証制度にサポートされていたとしても、債権者から引き渡されない限り、それを活用することはできないのではないでしょうか。

建物完成までに業者が倒産してしまったら、住宅の引き渡しを受けていないわけですから、倒産した業者の債権者の意向に従うことになり、発注者の都合で、そのまま継続して工事を進められるかどうかは不確定ではないでしょうか。できない可能性がある（高い）とお考えになるべきかもしれません。

３）倒産時の過払い完全に回避するためには、
ア．私の経験ではすべての工事完了、引き渡しの半年後に工事金額を支払うという企業が実際にあります。業者にとってはかなり厳しい条件です。
イ．各段階ごとに支払いを行い、部分的に引き渡しを受けることも考えられます。例えば、確認申請が通った時点で１０％支払い、図面と確認証の引き渡しを受ける、その後、上棟した時点で３０％支払い、可能であれば躯体部分の引き渡しを受ける。残りの仕上げや設備については完成後、検査済み証を受け、引き渡しを受けた後残金を支払うことが考えられます。ただ、もちろんレアなケースですし、業者には厳しい条件ですが、この場合でも登記しておかないと倒産した会社の債権者から住宅を守れないと、厳しい判断をする専門家もいます。（ただ、建設途中の段階では登記はできないと思います。）


互いに信頼し合って家づくりを進められることを願っております。ご参考になれば幸いです。


島崎義治/島崎義治建築設計事務所
2012グッドデザイン賞を受賞しました
http://architect-studio.com