かなり微妙な処理ですね。

こんにちは

こういうケースは専門家としてはちょっと回答しにくいと思われますが、リスク覚悟で私見を回答させていただきます。

文面から読み取れることは
会社とは金銭の貸借関係がない（ここでは、貸付金も存在しないし、よって返済を受ける覚えもない）ということですね。

であれば、会社の目的は、社会保険料と源泉所得税を抑えるためとしか考えられません。

通常は、毎月の給与支給総額から社会保険（健康保険、厚生年金）の控除額が計算され（通常は毎年４，５，６月に支給される平均値で等級が決まるので毎月同額）、それら社会保険控除後の金額をもとに源泉所得税が計算されます。

このケースでは、
基本給２５万円をもとに、社会保険と源泉所得が計算され、控除のマイナス（つまり加算）として、会社からご本人への借入返済名目（社会保険、所得税の枠外）で支給されているということになります。そこで推察されるのが、２５＋２０＝４５万円－４１万円＝４万円が、社会保険控除（所得税もプラス？？）というこですから、４５万円に対するものとしては少ない気がします。
社会保険料はざっくり２４％くらい（これを折半するので、本人負担は１２％くらい）だと思われるからです。

この処理によるメリットは、会社ご本人ともに社会保険の納付額が減るということです（当然年金の納付も減りますが・・・）。

問題としては、金銭消費貸借が本当に存在しないとしたら、会社が役員からの借入返済名義での社会保険料逃れ？といわれる可能性があります。

この場合ご本人が悪意（知っていた）か善意（知らない）かによって、ご本人の故意・過失ということになるかもしれません（状況から会社の一方的処理ということになるでしょう）。

蛇足ですが、存在しないはずの貸付金の返済を受けるということは、会社が契約書を勝手に作っている可能性がありますので不法行為とはなります。会社としては債務不存在ですので、何かのトラブル（トラブルとは経営破たんとか、役所の告発とか会社存続にかかわるような事態）発生時、不当利得の返還を？ということも法的にはありえます。


よろしくお願い申し上げます。