専門家をまじえて施工会社と確認することが必要です。

大変ご心配のことと思います。しかし、落ち着いてくださいね。

お急ぎのようなので簡単に、感想を述べさせていただきます。

専門家が見られて「床下のコンクリートや亀裂」や「基礎立ち上げの隙間」があるのであれば根本的な補修や補強が必要です。構造上、耐久性能上、雨水や湿気の防止上不可欠です。

そして、
私が当事者であれば、現場を見ていないため推測で語るしかない建築家より、直接現場を見ている専門家の方を信頼し、早急にその対処方法、施工会社への問合せや調整なども相談することになるでしょう。なぜ、そのようにされないのでしょうか。


ただ、ご自分で、
住宅はすべてじっくり見られましたでしょうか。まずは外観を確認。基礎のコンクリートがどうなっているか、クラック（大きなひび割れ）やジャンカ（コンクリートの中の砂利が見えたり、大きな気泡がある）や打継（コンクリートの継ぎ目）があるのか、あるいはきれいな状態になっているのか、などです。床下通気口はどのようなものか。問題はないか。（近年それは湿気の原因となり、ない場合や見えないようになっている場合もあります。）

仮にコンクリートがきれいな状態だとすると（専門家のご判断を考えるときれいであることはあり得ないのですが）、どこから茶色の土が入ってきたのか、通気口からなのか、単なる掃除の忘れなのか、あるいは別の欠陥なのか、施工会社とよく確認しあってください。その際には見ていただいた専門家の方に、欠陥だと判断された理由を説明していただいたらどうでしょうか。

内覧会というのは施主検査ということでしょうか？であるならばますは合格を出さないで、問題の所在をはっきりさせることが必要のように思います。

ただ、掃除の忘れだったとしても、そのようないいかげんな精神で行った施工には不備や間違いもあることでしょう。十分注意をしてください。