足首の・・・

ある動作をすることで痛みが感じられるということですね。
それは両足でしょうか？

骨格などに異常をきたしているのであれば、常時痛むと考えられます。

けれどもyutataさんの場合、そうではないようで、動きによって痛みが発生するということは、ご自分でも感じておられるように、海でフィンを使い長時間泳いだそうですが、その時の足の使い方（力の配分）に問題があったように思います。どうしても長時間の動作で疲れてくると、癖になった筋肉だけを使ってしまうものです。

ですから、その時の、ある種の筋肉痛・筋肉の炎症が残っていると考えられます。

その対処といたしましては、決して痛む部分をさわらないことです。

まずふくらはぎをよく揉んでください。しこりがみつかったら、丁寧に揉みほぐしましょう。

その次に、足の指を一本ずつ丁寧に、引っ張り出すようにして大きく右回転・左回転と回します。
5本の指の中で、動きにくい指を集中的に動かしましょう～

このようにして、ふくらはぎから足指までの筋肉を整えることで、筋肉の位置や強さが整い、痛みも緩和されてくると思います。

さらに、海で長時間すごされていたようですので、足の冷えも原因の一つになっているかもしれません。

足湯をしたり、ソックスを寝るときも履いてねたりして、よく暖めると筋肉の緊張も緩み、さらに痛みも楽になると思います。

気長にケアしてみてください。