通常の流れだと思います

構造計算は基本設計が確定してから実施設計で行います。それまでは、ある程度簡易的な計算や経験的な「カン」で間取りなどの基本設計を進めます。
構造計算は木造といえども簡単なものではありません。実際は実施設計が進んで、いろいろな詳細が確定してから行います。そうでなくては、二度手間、三度手間になるからです。構造計算は専門の構造事務所に経費を払って外注することが一般的です。確定していないプランで構造設計や構造計算をするのであれば、プランの変更があって再設計する場合には追加の構造計算費用を負担する覚悟が必要です。

一階の一部の壁量を増やすだけですんだということは、事前の予測があまりはずれなかったとも言えます。
建築基準法においては、壁の倍率は１箇所で5倍までとされており、その範囲内で加算することは一般的です。例えば、45×90の片筋交いは2倍の倍率ですが、ここに構造用合板（2.5倍）を加算すると4.5倍がとれます。
構造用合板を両面貼りすると5倍（MAX）がとれます。ただし、施工の時には部屋内側の構造用合板が土台と梁にかからないので、土台と梁に合板受けをつける必要がでてきますが。

条件付の物件は設計作業にも最小限の費用しか出ていない事がほとんどですので、間取りが決まった段階で構造計算して確認申請を出して終わりになるのだと思いますが、通常だと実施設計など細かい設計作業を進めてから構造計算に入るのでもう少し後になります。

ほんとうは前述のように、部屋内側の合板の収まりなど工事に入ればいろいろと現場をチェックしなければいけません。これを「監理」といいます。
「管理」は現場監督が現場を運営する業務で、「監理」は設計者が現場をチェックする業務です。

監理者の名前を確認申請には書かなくていけないのですが、実際には監理が行われていない現場がほとんどです。
設計契約（設計と施工が一緒の場合でも）の時には、誰がどのような業務をするのか「重要事項の説明」を建築士の資格者がしなくてはいけません。これも行われていないことがほとんどです。

設計も重要ですが、監理も良い建物にするには大事です。きちんと監理がされるかを確認してください。