２つの問題を総合的に考えると

まず、どのような地域でどのような規模の住宅を建設されるかによって、少し変ってくるかと思いますが、

一つ目のトップライトの問題ですが、
耐火建築物や準耐火建築物等の耐火性能を必要としない住宅などでも、屋根の構造を耐火構造としなければならない例が出てきているようです。今私が計画している東京都港区ではそのような指導を受けています。

その場合、トップライトもある程度の耐火性能（例えば３０分耐火）が必要になりますが、あるメーカーでは、アルミ枠の内側に鋼板枠を設ける事によって、「30分耐火」に対応することができるようですので、

基本的にはトップライトを設けられないということはないと思いますし、トップライトを設けるなど、住宅設計において基本的な必須事項であると思います。

２つ目の構造の問題ですが、
２×４の場合は水平の屋根材の方が構造的、工費的メリットが大きいのかもしれません。「注文住宅」と書いてありますが、本来の注文住宅＝自由に設計できる住宅ではないのかもしれませんね。

この方向で住まい作りをお考えになるのならば、置き屋根というような方法があります。水平材の上にもう一つ屋根を架けるやり方です。全体に屋根を架けることもできますし、一部に屋根を架けることもできます。２×４の構造制限を考慮すると一部に屋根を架けることがいいかもしれません。

それから、この一部に架けた屋根の部分に窓を設けることもでき、トップサイドライトや腰屋根やドーマー窓といった類のものになりますが、それはトップライトに代わることのできるものと思います。

トップライトに望まれた点は何でしょうか？
空が見える、上から光が入る、風を抜きたい、、、、いくつかの理由でトップライトを希望されるかと思いますが、トップライトよりも、むしろ、このトップサイドライトの方が実はいろいろと使い道が広いもので快適性の高いものではないかと思っています。

これだと、耐火性能も３０分耐火などといった屋根仕様の必要はなくなりますので、通常の窓で十分対応できると思います。

住まい作りには、しかも住まい手の要望を満たすような本当の注文住宅をつくるには、総合的に、そしてよりクライアントの立場に立った対応が必要となります。

ぜひ、十二分にお考えの上、進められることをお勧めいたします。