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2009年１月から２年間の源泉徴収あり特定口座における源泉徴収税率（特別徴収税率）は10％の軽減税率とされ、年間の上場株式等の譲渡益の合計額が500万円以下の場合は確定申告が不要とされます。この場合、源泉徴収あり特定口座の上場株式の譲渡益と源泉徴収なし特定口座、一般口座の上場株式の譲渡益の合計が500万円を超える場合は、その超える年分の源泉徴収あり特定口座については確定申告が必要になります。
上場株式の配当についても、その年間の配当が100万円以下の場合は申告不要とされます。総合課税によって配当控除を受けたほうが有利なときは、総合課税を選択できます。
また、2009年１月以後に支払いを受ける上場株式に係る配当所得については、20％の税率（2009年１月から２年間は100万円以下は10％）による申告分離課税を選択できます。
